La iniciativa de la fundación de un museo de ciencias naturales proviene del profesor de Ciencias Naturales Eugenio Ogé de Morvil. Por su visible interés y gran dedicatoria en la materia, se le concede la creación de un museo de historia natural. Escribe el mismo sobre el inicio del museo: “Ante la necesidad de hacer conocer la naturaleza y los recursos naturales del Paraguay en la forma más práctica. el entonces profesor de Ciencias Naturales, elaboro un programa para coleccionar muestras del reino animal, vegetal y mineral. Con todas estas muestras se organizó el Museo de Historia Natural del Colegio Internacional”. Para la creación de esta obra fue formada una comisión de alumnos con el nombre de Club de Ciencias, bajo la dirección del profesor Morvil. Ya antes de crearse el museo, el Colegio contaba con algunos ejemplares, los cuales fueron preparados y donados por el ingeniero Morvil y el señor Vysokolan.

En el informe del 30 de junio de 1944, el director del Colegio dice: “El señor Morvil ha interesado a los estudiantes en la formación de un museo y ellos han traído una notable cantidad de piedras y otros minerales”.

El Museo fue inaugurado públicamente el 7 de octubre de 1944, fecha que de aquí en adelante figura como la fundación del Museo del Colegio Internacional

Actualmente, el museo está al servicio de la comunidad educativa, acompaña el proceso pedagógico, impulsa el aprendizaje significativo, favorece el conocimiento de las especies vegetales y animales, en un marco de respeto y protección a las especies en sus respectivos hábitats.